El café fue el primer producto en llevar el sello de Comercio Justo. La idea se puso en marcha cuando Frans van der Hof, un misionero holandés residente en México pudo comprobar la desesperación de los productores de café en Oaxaca. Vendían su café a intermediarios a precios de usurero.

Hoy por hoy, FLO International trabaja con 256 productores de café en Africa, Asia y América Latina. Muchos de estos productores exportan directamente. El café con sello de Comercio Justo se vende en todos los países miembros de FLO. Las ventas totales a nivel mundial se han incrementado considerablemente, particularmente en Francia, Reino Unido y EEUU.

Alrededor del 70 al 80 por ciento de la producción mundial de café es suministrada por pequeños campesinos, los cuales dependen en gran medida de intermediarios y del mercado. El precio de Comercio Justo está compuesto de un Precio Mínimo y una Prima de Inversión Social  que se invierten en construcción de escuelas, hospitales locales, la creación de pequeños fondos de microcrédito, becas, inversiones para la mejora de la productividad etc.

En 2003 se produjeron en el Sur más de 7 millones de toneladas de café, según los datos de la FAO. El precio de este producto fijado en las bolsas internacionales del Norte, ha caído un 70% desde 1997 y en 2002 llegó a los índices más bajos de los últimos 30 años. La Unión Europea consume la mitad del café que se produce en el mundo y EEUU el 25%. Para algunos países como Burundi y Uganda el café supone el 70% del valor de las exportaciones. Se estima que 25 millones de personas están directamente ligadas a la producción del café, además de los millones de personas que están vinculadas a los procesos de su comercialización.