La Asociación del Sello de Productos de Comercio Justo es miembro de pleno derecho de Fairtrade Labelling Organizations (FLO) desde mayo de 2005.
FLO se creó en 1997, pero su historia se remonta a 1988 cuando fue creada Max Havelaar en Holanda con el objetivo de que los productos de Comercio Justo se diferenciaran de los otros mediante un sello de garantía. Esta iniciativa se extendió rápidamente por otros países y surgieron otros sellos como Transfair en Alemania, Austria, Italia, EEUU, Canada y Japón; y Fairtrade en Irlanda y Reino Unido. Cada uno tenía sus propios estándares y sistemas de certificación, pero en 1994 iniciaron un proceso de acercamiento que concluyó con la creación de FLO. Desde entonces se han ido unificando procesos de certificación, registro de productores y comerciantes, logos etc.

Desde 1994 cuenta con dos entidades que garantizan el sistema:

• Fairtrade Labelling Organizations International (FLO) es la organización que reúne a 20 iniciativas de etiquetado en 21 países y redes de productores que representan a las Organizaciones Productores de Comercio Justo certificado en América Latina, África y Asia. FLO International es la entidad que define los estándares Fairtrade para cada uno de los productos que pueden llevar el Sello FAIRTRADE, además FLO presta apoyo a los productores interesados en participar en el sistema Fairtrade (para más información http://www.fairtrade.net/ ).
• La sociedad FLO-Cert, entidad certificadora independiente. FLO-Cert es la entidad encargada de auditar el cumplimiento de los estándares Fairtrade por parte de productores, importadores y comerciantes. Todas las entidades que participan en el sistema Fairtrade están registradas en FLO-Cert y se someten a auditorías regulares, asegurando así la trazabilidad total de los productos Fairtrade.  FLO-Cert ha obtenido en el año 2007  la ISO 65 por sus excelentes procesos de auditoría (para más información: http://www.flo-cert.net/).