La Asociación del Sello de Productos de Comercio Justo es miembro de pleno derecho de Fairtrade Labelling Organizations (FLO) desde mayo de 2005.
FLO se creó en 1997, pero su historia se remonta a 1988 cuando fue creada Max Havelaar en Holanda con el objetivo de que los productos de Comercio Justo se diferenciaran de los otros mediante un sello de garantía. Esta iniciativa se extendió rápidamente por otros países y surgieron otros sellos como Transfair en Alemania, Austria, Italia, EEUU, Canada y Japón; y Fairtrade en Irlanda y Reino Unido. Cada uno tenía sus propios estándares y sistemas de certificación, pero en 1994 iniciaron un proceso de acercamiento que concluyó con la creación de FLO. Desde entonces se han ido unificando procesos de certificación, registro de productores y comerciantes, logos etc.

Desde 1994 cuenta con dos entidades que garantizan el sistema:

• Fairtrade Labelling Organizations International (FLO) es la organización que reúne a 20 iniciativas de etiquetado en 21 países y redes de productores que representan a las Organizaciones Productores de Comercio Justo certificado en América Latina, África y Asia (para más información http://www.fairtrade.net/ ).
• La sociedad FLO-Cert, entidad certificadora independiente. La creación de FLO-Cert se inscribe en el marco de la reestructuración iniciada por FLO-Internacional en 2002, para obtener la acreditación ISO 65 o norma EN 45011, como organismo de certificación a nivel internacional. FLO-Cert ha obtenido la ISO 65 oficialmente en el 2007 (para más información: http://www.flo-cert.net/).